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【干貨分享】第十二期:德?tīng)査儺愔陙?lái)襲,核酸檢測中的細節你注意到了嗎

自7月20日南京祿口機場(chǎng)檢出陽(yáng)性病例至今,除南京本地日增確診病例是兩位數外,傳播鏈已經(jīng)波及安徽、廣東、四川、重慶、湖南、遼寧、北京等多個(gè)省市。

2022-02-21


自7月20日南京祿口機場(chǎng)檢出陽(yáng)性病例至今,除南京本地日增確診病例是兩位數外,傳播鏈已經(jīng)波及安徽、廣東、四川、重慶、湖南、遼寧、北京等多個(gè)省市。7月30日上午,南京市新聞發(fā)布會(huì )就本輪疫情源頭疾控中心通報稱(chēng),目前已完成本土疫情相關(guān)的52個(gè)病例的病毒基因測序工作,均屬于德?tīng)査局?/strong>;病毒基因組序列高度同源,提示是同一個(gè)傳播鏈。


據專(zhuān)家比對研究后發(fā)現德?tīng)査局旮腥菊叩暮粑啦《据d量是原始毒株感染者的1260倍,患者樣本的核酸檢測Ct值非常低(越低表示體內病毒載量越高)。這說(shuō)明,德?tīng)査局甑淖晕覐椭扑俣确浅Q该?。此外,攜帶德?tīng)査局甑娜丝赡軙?huì )更快地具有傳染性。研究指出,早期原始毒株在人體內可被檢測出來(lái)的時(shí)間為6天,而德?tīng)査局陜H需4天就能被檢測出。


德?tīng)査局旮腥菊?strong style="box-sizing: border-box;">病毒載量高,應該更容易被檢出,那么還會(huì )有漏檢的風(fēng)險嗎?今天小編帶您揭秘預擴增試劑面對高載量病毒時(shí)的漏檢原理。



什么是預擴增?

首先讓我們了解一下什么是預擴增:預擴增是在逆轉錄之后,正式開(kāi)始PCR循環(huán)之前,設置10個(gè)左右不采集熒光信號的循環(huán)。常規和預擴增PCR程序設置區別如下,見(jiàn)下圖(預擴增的3和4是增加的步驟):


常規PCR新冠核酸檢測試劑程序:

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設置了預擴增的檢測試劑程序:

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設置預擴增的目的

設置預擴增是為了快速提高模板濃度,在后續帶有熒光采集信號的循環(huán)階段,因為有了前期的預擴增階段對模板的充分擴增,就可以縮短信號采集的時(shí)間,將原本需要90-100分鐘的擴增過(guò)程縮短至30-40分鐘完成。



德?tīng)査局甑暮怂釞z測情況

那超強變異株德?tīng)査局甑暮怂釞z測情況是什么樣的?因德?tīng)査局瓴《据d量高,Ct值會(huì )更低,在15-20個(gè)Ct左右,甚至有樣本Ct值在個(gè)位數的情況出現,檢測曲線(xiàn)如下圖所示,同時(shí)儀器判定為陽(yáng)性。

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預擴增對新冠核酸檢測的影響

那新冠核酸檢測試劑如果設置了預擴增,檢測曲線(xiàn)會(huì )發(fā)生什么變化?設置了預擴增的新冠核酸檢測試劑擴增曲線(xiàn)(圖例僅示意),前10個(gè)循環(huán)無(wú)熒光信號,從11個(gè)循環(huán)開(kāi)始采集熒光。出現病毒載量超高的德?tīng)査儺愔闏t值為個(gè)位數時(shí),這10個(gè)循環(huán)在有預擴增的程序中,儀器將檢測不到指數增長(cháng)的起始熒光,最后判定為陰性。

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為何預擴增會(huì )導致假陰性?

為什么一個(gè)簡(jiǎn)單的預擴增設置會(huì )導致病毒載量較高的德?tīng)査局曜詈蟮臋z測結果變成假陰性?讓我們從實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測原理來(lái)看。實(shí)時(shí)熒光PCR的曲線(xiàn)分為基線(xiàn)期、指數增長(cháng)期、線(xiàn)性增長(cháng)期與平臺期。(如下圖)

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線(xiàn)性圖譜中的基線(xiàn)期,是通過(guò)PCR儀內部的計算,將原始信號中的噪音計算成熒光信號為“0”的直線(xiàn),以基線(xiàn)為參照,后續的熒光信號才被計算機轉化為S型曲線(xiàn)。


在普遍情況下,前十幾個(gè)循環(huán)以?xún)韧际窃胍?/strong>,所以大多數PCR儀的自動(dòng)基線(xiàn)范圍會(huì )在3-15。


而設置了預擴增(例如10個(gè)),前10個(gè)循環(huán)無(wú)熒光信號,從11個(gè)循環(huán)開(kāi)始采集熒光。那么,當遇到病毒載量非常高的樣本,在普通熒光PCR反應中,可能在10個(gè)循環(huán)以?xún)染鸵呀?jīng)開(kāi)始出現指數增長(cháng)期,而這10個(gè)循環(huán)在有預擴增的程序中,儀器將檢測不到指數增長(cháng)的起始熒光(指數增長(cháng)期與閾值線(xiàn)的交點(diǎn)即為Ct值),從而丟失了確保S型擴增曲線(xiàn)完整的關(guān)鍵信號。


因此,帶有預擴增的程序,在當前德?tīng)査儺愔隇橹髁餍蛣e的情況下,有非常大的漏檢風(fēng)險。而且,這樣的漏檢并非是我們常常關(guān)注的弱陽(yáng)性樣本,而是風(fēng)險極大的強陽(yáng)性樣本,越強越容易漏檢。


??? 

快檢查一下,你的新冠核酸檢測PCR程序,有沒(méi)有刪掉預擴增?




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上海伯杰醫療科技有限公司是一家致力于感染性病原體分子診斷試劑研發(fā)和應用,深耕于多重熒光PCR診斷試劑和痕量病毒二代測序試劑及相關(guān)服務(wù)的國家高新技術(shù)企業(yè)。公司圍繞感染性病原體這一主線(xiàn),從診斷試劑、診斷儀器、測序服務(wù)和醫檢所服務(wù)等多個(gè)面提供全套解決方案。公司秉承“勇于創(chuàng )新,質(zhì)量為先”的方針,為醫療機構、疾控公衛、高??蒲械群献骰锇樘峁﹥?yōu)質(zhì)產(chǎn)品與服務(wù)。

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