【干貨分享】第一期:q-PCR陰性樣本擴增曲線(xiàn)下沉?
集高靈敏度、快速、高特異性于一身的qPCR,是分子診斷學(xué)最常用的一種方法;然而,大家常常會(huì )被它的異常曲線(xiàn)所困擾。
集高靈敏度、快速、高特異性于一身的qPCR,是分子診斷學(xué)最常用的一種方法;然而,大家常常會(huì )被它的異常曲線(xiàn)所困擾。比如,某個(gè)通道所有陰性樣本的擴增曲線(xiàn)都向下傾(如下圖)。今天,伯杰技術(shù)就與您分享導致這種“怪異曲線(xiàn)”的原因及解決方案。
原因分析
這種怪異曲線(xiàn)下傾的根本原因是qPCR儀矯正過(guò)度導致的,熒光的發(fā)射光譜是一個(gè)拋物線(xiàn),常見(jiàn)的熒光物質(zhì)FAM、 VIC、 ROX的發(fā)射光譜之間存在交叉(如下圖),qPCR 儀通過(guò)計算減去因交叉誤讀的信號,常見(jiàn)的計算方法是:A 通道計算得到的信號(FA)= A通道檢測的信號– B通道檢測的信號*K,這個(gè)的K是機器預設的固定參數;有時(shí),B通道串到A通道的實(shí)際信號的比值要小于固定參數K,設備在計算時(shí)就導致了A 通道擴增曲線(xiàn)向下傾斜的情況。
舉個(gè)例子,在FAM通道檢測的信號中,假設機器預設ROX通道串到FAM 通道的K=20%,但是實(shí)際上串到FAM 通道的ROX信號只占ROX通道檢測信號的10%;而機器在計算時(shí),只會(huì )按照預設的固定參數K=20%進(jìn)行計算,即,FAM通道每次都會(huì )多減去10% ROX通道的檢測信號。隨著(zhù)擴增ROX通道信號越來(lái)越大,FAM通道多減去的信號也越來(lái)越大,若此時(shí)FAM 通道是陰性樣本,就導致擴增曲線(xiàn)傾斜的更嚴重。
解決方法
2、點(diǎn)擊”P(pán)late” → “Advanced Setup”,關(guān)閉其他通道,如下圖所示:
3、點(diǎn)擊”Results”,回到結果分析界面,然后,點(diǎn)擊“Analyze”重新分析即可,如下圖所示:
看,重新分析后的曲線(xiàn),是不是清爽許多?回到了原來(lái)那熟悉的樣子
(本文以ABI Q5儀器為例,其他機型如遇該問(wèn)題,也可使用該方法調整、分析)