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【干貨分享】第六期:探秘核酸提取

2022-02-21

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前言

近日,國家藥監局正式發(fā)布行業(yè)標準《核酸提取試劑盒(磁珠法)》YY/T 1717-2020。此標準對核酸提取試劑盒(磁珠法)的分類(lèi)、技術(shù)要求、試驗方法等進(jìn)行了相關(guān)規范,填補了該領(lǐng)域標準空白,對于分子診斷行業(yè)產(chǎn)品的長(cháng)遠發(fā)展、以及現階段新冠疫情防控有著(zhù)重要意義。


在分子診斷領(lǐng)域,核酸提取是實(shí)驗中最基本、最重要的環(huán)節,關(guān)系著(zhù)分子實(shí)驗的成敗。磁珠法只是核酸提取方法之一,下面就讓我們來(lái)了解一下核酸提取的原理和各種方法吧~





核酸抽提原理

簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō),核酸抽提包含裂解和純化兩大步驟。裂解是使樣品中的核酸游離在裂解體系中的過(guò)程,純化則是使核酸與裂解體系中的其他成分,如蛋白質(zhì)、多糖、脂質(zhì)、鹽及其它雜質(zhì)徹底分離的過(guò)程。經(jīng)典的裂解液幾乎都含有去污劑(如SDS、Tween20等)和鹽(Tris、EDTA等)。去污劑是通過(guò)使蛋白質(zhì)變性,破壞膜結構及解開(kāi)與核酸相連的蛋白質(zhì),從而實(shí)現核酸游離在裂解體系中。鹽的作用,則是出了提供一個(gè)合適的裂解環(huán)境,還包括抑制樣本中的核酸酶在裂解過(guò)程中對核酸的破壞、維持核酸結構的穩定等。裂解體系中還有可能加入蛋白酶,促進(jìn)核酸與蛋白質(zhì)分開(kāi)。

常用的純化方法,一是醇沉淀,使用醇將核酸沉淀下來(lái),實(shí)現核酸與鹽的分離。二是介質(zhì)純化,在某些特定的條件下,特殊的固相介質(zhì)可選擇性地吸附核酸,而不吸附蛋白質(zhì)及鹽的特點(diǎn),實(shí)現核酸與蛋白質(zhì)及其它雜質(zhì)的分離。第三,也有不純化的抽提方法,多用于快速提取。其它雜質(zhì)如多糖、多酚,基本上都是在這兩種方法的基礎上,通過(guò)增加一些特別的試劑,或者增加一些額外的步驟來(lái)實(shí)現的。




核酸提取方法

01

酚氯仿法

苯酚和氯仿均為有機溶劑,其萃取核酸原理是苯酚與氯仿對于與核酸結合的蛋白質(zhì)有極強的變性作用,但對核酸本身沒(méi)有影響。經(jīng)離心后,形成上層水相下層酚/氯仿相,變性后的蛋白質(zhì)溶于酚/氯仿相或者在兩相交界處形成凝膠層,而核酸易溶于水而不溶于有機溶劑從而留在水相;同時(shí),氯仿可以有助于有機相與水相的分離和去除溶于水的部分酚。最后,再將核酸通過(guò)乙醇沉淀即可達到提取的目的。

此法的缺點(diǎn)是:


蛋白質(zhì)難以徹底去除;


操作難度大且費時(shí);


使用危險化學(xué)品。


02

熱裂解法

樣本中加入促細胞裂解的化學(xué)物質(zhì)(SDS、Tween 20等),可加入蛋白酶K消化一段時(shí)間,也可不加,95℃以上加熱10分鐘左右;高速離心,上清中的DNA即可用于PCR擴增。該方法操作簡(jiǎn)便,成本低,一般僅用于血清或體液中病原體核酸的提取。

此方法在臨床應用廣泛,但缺點(diǎn)是:


核酸純度低,產(chǎn)量低;


提取出的核酸除了PCR外不能直接用于其它分子生物學(xué)操作。


03

膜過(guò)濾柱法

此種方法是利用核酸表面會(huì )覆蓋一層由水分子構成的薄膜,在高鹽環(huán)境下,這層親水膜會(huì )遭到破壞從而核酸可被吸附在離心柱上,而其他雜質(zhì)如蛋白質(zhì)、代謝產(chǎn)物等則會(huì )被離心沉淀與核酸分離。最后通過(guò)洗脫,將核酸從吸附膜上脫離,即可得到純化后的核酸。這也是試劑盒提取中廣泛使用的方法。




但即便如此,該方法仍存在缺點(diǎn):


高度依賴(lài)吸附膜的結合能力;


洗脫不完全導致核酸流失;


無(wú)法大量提取核酸,較難實(shí)現自動(dòng)化。


04

磁分離法

攜帶正電荷的磁珠易于吸附負電荷的核酸,主要用于從人血清或血漿樣品中提取DNA 和RNA(例如從血液樣本中檢測HIV 或HBV 病毒基因組的樣品制備)。一般而言,將樣品與結合緩沖液和磁珠混合,核酸與磁珠結合后,經(jīng)過(guò)數次洗滌與磁場(chǎng)捕獲,洗脫下來(lái)的核酸即可通過(guò)PCR或其它特定方法來(lái)檢測特定的DNA或RNA。磁分離法也是廣泛應用于診斷行業(yè),且能實(shí)現高通量、自動(dòng)化的核酸提取方法。




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上海伯杰醫療科技有限公司是一家致力于感染性病原體分子診斷試劑研發(fā)和應用,深耕于多重熒光 PCR 診斷試劑和痕量病毒二代測序試劑及相關(guān)服務(wù)的國家高新技術(shù)企業(yè)。公司圍繞感染性病原體這一主線(xiàn),從診斷試劑、診斷儀器、測序服務(wù)和醫檢所服務(wù)等多個(gè)面提供全套解決方案。公司秉承“勇于創(chuàng )新,質(zhì)量為先”的方針,為醫療機構、疾控公衛、高??蒲械群献骰锇樘峁﹥?yōu)質(zhì)產(chǎn)品與服務(wù)。

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